データセット・コネクトーム

FANC (Female Adult Nerve Cord)

Harvard Medical School (Wei-Chung Allen Lee lab)

ハーバード医学部Lee研が成体メスのショウジョウバエの腹部神経索をGridTape-TEMで撮像し、自動再構成と有志による校正を進めている連結体データ。元の画像データは2021年にCell誌、コネクトーム再構成はAzevedoらにより2024年にNature誌で発表された。このリポジトリではpipで導入できるPythonパッケージfanc-fly(GPL-3.0)とWikiを提供しており、fanc.communityからもここへ誘導される。

公式サイト ↗

FANC (Female Adult Nerve Cord)

#vnc#female#nature-2024#python#gridtape-tem

確認した出典

上の情報は掲載日にこれらのページを読んで確認したものです。

  • github.com https://github.com/htem/FANC_auto_recon
  • github.com https://github.com/htem/FANC_auto_recon/wiki/

利用: 3 件

ツール・ライブラリ

coconatfly

Gregory Jefferis (natverse)

主要なハエのコネクトームを共通のインターフェースで扱えるようにする R パッケージ。hemibrain・FlyWire・MANC・FANC・BANC・male CNS・male optic lobe に対して、同じ書き方で結合相手の検索や細胞タイプの比較ができる。Jefferis 氏が開発しており、ライフサイクルは実験段階で API が変わる可能性はあるものの、hemibrain と FlyWire の比較では既に実用されている。

ツール・ライブラリ

Virtual Fly Brain

Virtual Fly Brain consortium (UK institutions incl. MRC HGU)

ニューロン画像・遺伝子発現パターン・コネクトームを標準脳テンプレート上に統合し、解剖学オントロジーで結びつけて横断検索できる Web アトラス。英国の研究資金で 2009 年から運営され、現在は 60 万件超の 3D 画像と約 49 万個の結合情報付きニューロンを収載し、hemibrain・FlyWire・FANC・幼虫 L1EM などをカバーする。v2 フロントエンド(geppetto-vfb)は Geppetto を MIT ライセンスでカスタマイズしたもの。

解説・報道

Wikipedia: Drosophila connectome

Wikipedia (Wikimedia Foundation)

ショウジョウバエのコネクトミクスを一望できるWikipediaの記事。なぜショウジョウバエがモデル生物に選ばれるのかから始まり、3,016ニューロンの幼虫脳、成体のhemibrain、FlyWire、FANC・MANCの神経索、2025年のBANCやオス中枢神経系の全体再構成まで主要データセットを順に解説し、配線構造と行動の関係にも触れている。本文はCC BY-SA 4.0、最終更新は2026年8月11日。